Le diagnostic précis des espèces de Scedosporium est crucial en raison de leur résistance antifongique intrinsèque et de la similarité morphologique avec d’autres moisissures opportunistes.
Les infections à S. apiospermum sont souvent confondues avec celles causées par Aspergillus, entraînant un retard diagnostique et thérapeutique.
Méthodes classiques
- Culture et microscopie : identification basée sur la morphologie des conidies et la texture des colonies. En savoir plus
- Tests biochimiques : peu fiables pour différencier les espèces du complexe S. apiospermum.
Diagnostic moléculaire avancé
- PCR et qPCR spécifiques : ciblent les régions ITS ou β-tubuline pour la détection directe dans les échantillons cliniques (sérum, tissus, lavage broncho-alvéolaire).
- Séquençage multi-locus (MLST) : permet de discriminer les espèces proches et d’étudier la diversité génétique.
- MALDI-TOF MS : identification rapide à partir d’isolats fongiques cultivés, basée sur le profil protéique.
- Métagénomique (mNGS) : approche sans culture qui détecte l’ADN de Scedosporium directement dans les échantillons complexes.
Interprétation et fiabilité
- La qPCR est la méthode la plus rapide (moins de 3 h) et sensible pour le dépistage initial.
- Le séquençage ITS reste la référence pour confirmation taxonomique.
- Les bases de données MALDI-TOF doivent être enrichies pour améliorer la précision des identifications.
Applications
- Surveillance hospitalière (air, surface, eau).
- Suivi post-transplantation pour patients immunodéprimés.
- Épidémiologie moléculaire et détection d’épidémies nosocomiales.
Conclusion
La combinaison de PCR quantitative et de séquençage multi-gènes représente aujourd’hui la stratégie la plus fiable pour le diagnostic rapide et la surveillance clinique de Scedosporium apiospermum.